Projeyi yapılandırmak için shell scripti (varsayılan `sh` 'dır, fakat değiştirilebilir) çalıştırır. Script, bulunduğu dizin, çalışma alanı olacak şekilde çalışır. Eğer shell scriptinizin başında `#!/bin/sh` satırı yoksa, sistem seviyesinde ayarlanan shell kullanılacaktır. Fakat yinede, başlık satırını, başka programlama dilinde shell yazmak ( `#!/bin/perl` gibi) veya shell'in kullandıgı seçenekleri kontrol etmek için kullanabilirsiniz. Shell "-ex" seçeneği ile çağırılır. Böylece tüm komutlar çalışmadan önce ekrana yazılır ve komutlardan herhangi birisi, 0 olmayan bir çıkış kodu ile biterse yapılandırma başarısız olarak ilan edilir.